Проверил (см. скриншот)
В описанном Вами случае явно играет роль коакая-то комбинация настроек программы и параметров товаров. Возможно какое-то комбинирование скидок, возможно автоограничение по минимальным ценам товаров.
Чтобы детально разобраться в ситуации, нам нужен весь файл-справочник, включающий и товары и скидки (или два файла, смотря как загружаете).
А еще лучше - скинуть нам на support@dnc-soft.ru дамп базы LinCash прямо с этой кассы (если ставили с нашего полного диска, то дампы баз создаются при каждой перезагрузке в каталоге /dnc_arch/ - достаточно скопировать файл с именем LinCash[текущая дата].gz )
В целом описанная Вами ситуация странная, хотелось бы разобраться в ней до конца.