Появилось несколько вопросов.
1) В каких случаях файл report.txt очищается ??
2) (Я обработку еще не смотрел... только предположение...) У Вас в обработке для 1с 7.7 (Торговля и склад) реализован механизм только загрузки проданных товаров. Почему нету возможности создания документов "Возврат от покупателя"
3) Если в ДЭНСИ:Касса в разделе "Справочник товаров" подвязать штрих-код к какой-нибудь позиции он попадет в 1с ???
p.s. Можете дать ссылку на полное описания протокола Атол, который вы используете для обмена. У них на сайте что-то не нашел...