Если все установлено на одном ПК, то из Linux можно читать/записывать каталоги NTFS. По умолчанию, разделы Windows должны быть видны в каталоге /mnt (типа /mnt/win_c, /mnt/win_d)
Если в пределах локальной сети, то настройка сетевого обмена достаточно подробно описана в "Руководстве по установке".
На крайний случай есть флэшки.
P.S. Это если не рассматривать вариантов установки Linux + ДЭНСИ: КАССы в VirtualBox и/или запуска 1C в Linux через wine@etersoft