Это техническая проблема, диктуемая 54-ФЗ (разрешающим отброс копеек) и КоАП РФ (запрещающим отступление от госрегулируемых цен на определенные категории товаров).
Чтобы строго блюсти КоАП, нельзя округление применять, как скидку (то есть нельзя влиять на итоговую цену товара).
В товароучетном ПО, к сожалению, игнорируется эта ситуация.
Но для кассы тут все строго соответствует текущему законодательству.