Оплату сертификатом в принципе собираетесь проводить как скидку или в отдельный тип оплаты?
Т.е. чек на сумму 1000 руб., оплата 600 руб. налом, 400 руб сертификатом.
Вариант 1. Пробиваем чек на сумму 600 руб. налом, сертификат проходит как скидка 400 руб.
Вариант 2. Пробиваем чек на сумму 1000 руб = 600 руб налом + 400 руб "тарой" (в ФР и в интерфейсе Д:К можно переименовать этот тип оплаты)